പാർട്ടിയിൽ ഒട്ടേറെ മികച്ച നേതാക്കൾ ഉണ്ടായിരുന്നുവെങ്കിലും അനൂപിന്റെ താൻ മാത്രം മതിയെന്ന ചിന്തയിൽ പലരും പാർട്ടി വിടുകയായിരുന്നു. അതിൽ എടുത്തു പറയേണ്ട ഒരാളാണ് ജോണി നെല്ലൂർ. പിറവത്തിനപ്പുറത്തേക്ക് മറ്റൊരു സീറ്റ് കൂടി ആവശ്യപ്പെടുവാൻ അനവധി അവസരങ്ങൾ ലഭിച്ചപ്പോഴും അനൂപ് അതിനു തയ്യാറായിട്ടില്ല. സീറ്റ് ആവശ്യപ്പെട്ട് അത് ലഭിച്ചാൽ തനിക്കൊപ്പമോ അല്ലെങ്കിൽ അതിനേക്കാൾ വലിയ രീതിയിലോ മറ്റൊരാൾ ഉയർന്നു വരുമെന്ന ചിന്തയാണ് അനൂപിനെ നയിച്ചിരുന്നത്. എംഎൽഎയായി തുടരുമ്പോഴും പാർട്ടിയുടെയും നേതാവ് ഇതേ അനൂപ് ജേക്കബ് തന്നെ. ഇതിലൊക്കെയുള്ള തർക്കങ്ങൾ കൊണ്ടാണ് ജോണി നെല്ലൂർ ഒരു ഘട്ടത്തിൽ പാർട്ടി വിടുന്നത്. അന്ന് പാർട്ടി വിടുമ്പോൾ രൂക്ഷമായ വിമർശനങ്ങൾ അനൂപിനെതിരെ നടത്തിയായിരുന്നു ജോണിയുടെ പടിയിറക്കം. പാർട്ടിയെ തകർക്കാൻ അനൂപ് അച്ചാരം വാങ്ങിയെന്ന് അന്ന് ജോണി നെല്ലൂർ ആരോപിച്ചിരുന്നു. ടി എം ജേക്കബിന്റെ സംസ്കാരചടങ്ങുകൾക്ക് ശേഷം പള്ളിമുറ്റത്ത് വെച്ച് പിറവം സീറ്റ് തനിക്ക് വേണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടയാളാണ് അനൂപ് ജേക്കബെന്ന ആരോപണവും ജോണി ഉയർത്തിയിരുന്നു. ജേക്കബിന്റെ മരണശേഷം ആശുപത്രിയിൽ വെച്ചുതന്നെ അധികാരസ്ഥാനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ചർച്ചകൾക്കാണ് അനൂപ് ജേക്കബ് മുതിർന്നത്. മന്ത്രിയായിരിക്കുന്ന കാലയളവിൽ ടി എം ജേക്കബിന്റെ സ്മാരകം പണിയുന്നതിന് വേണ്ടി യാതൊരു മുൻകൈയും അനൂപ് ജേക്കബ് എടുത്തില്ലെന്നും ജോണി നെല്ലൂർ ആരോപിച്ചു.

മാണിഗ്രൂപ്പിൽ നിന്ന് ജേക്കബ് ഗ്രൂപ്പിലേക്ക് സ്ഥാനമാനങ്ങൾ ഉപേക്ഷിച്ച് വന്ന വ്യക്തിയാണ് താനെന്നും അക്കാര്യമെല്ലാം മറന്നാണ് അനൂപ് ജേക്കബ് തന്നെ സമനിലതെറ്റിയവനെന്ന് വിളിച്ച് ആക്ഷേപിക്കുന്നതെന്നും അദ്ദേഹം അന്ന് തുറന്നടിച്ചിരുന്നു. പാർട്ടി സ്ഥാപകനായ ടിഎം ജേക്കബ് 1991 മുതൽ മത്സരിക്കുന്ന മണ്ഡലമാണ് എറണാകുളം ജില്ലയിലെ പിറവം. ടിഎം ജേക്കബിന്‍റെ മരണത്തെ തുടര്‍ന്ന് 2012 ല്‍ നടന്ന ഉപതിരഞ്ഞെടുപ്പിലാണ് പിറവത്ത് നിന്ന് ആദ്യമായി അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ മകന്‍ അനൂപ് ജേക്കബ് നിയമസഭയിലേക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടുന്നത്. 2016 ലും അനൂപ് തന്നെയായിരുന്നു മണ്ഡലത്തിൽ മത്സരിച്ച് വിജയിച്ചത്. പിന്നീട് 2021ലും വിജയം ആവർത്തിച്ചു. 1993 ൽ പാർട്ടി രൂപീകരിച്ചത് മുതൽ കേരള കോൺഗ്രസ് ജേക്കബ് വിഭാഗം യുഡിഎഫിനൊപ്പമായിരുന്നു. 2005 ൽ മുതിർന്ന നേതാവ് ഉമ്മൻചാണ്ടിയുമായുള്ള അഭിപ്രായ വ്യത്യാസത്തെ തുടർന്ന് കെ കരുണാകരന്റെ ഡോമോക്രാറ്റിക് ഇന്ദിര കോൺഗ്രസുമായി ലയിക്കാൻ തിരുമാനിക്കുകയും പിന്നീട് 2006 ൽ യുഡിഎഫുമായി സഖ്യമുണ്ടാക്കി മത്സരിക്കുകയും ചെയ്തു. പിന്നിട് കെ മുരളീധരനുമായുള്ള അഭിപ്രായ വ്യത്യാസത്തെ തുടർന്നാണ് ടിഎം ജേക്കബ് പുറത്തുവരികരികയും സ്വന്തം കക്ഷി വിപുലപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തത്. ആൾബലം കൊണ്ട് കരുത്തുള്ളത് ആയിരുന്നില്ലെങ്കിലും നിലപാടുകൾ കൊണ്ട് കേരള കോൺഗ്രസ് ജേക്കബ് വിഭാഗവും അതിന്റെ നേതൃനിരയും കേരളത്തിൽ രാഷ്ട്രീയത്തിൽ ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രങ്ങൾ ആയിരുന്നു. എന്നാൽ ഇന്നത് അനൂപ് ജേക്കബ് എന്ന നേതാവിനെ മാത്രം വട്ടംചുറ്റിയുള്ള സംവിധാനമായി മാത്രം മാറിയിരിക്കുന്നു.