ലോകവും രാജ്യവും കേരളവും അംഗീകരിക്കുമ്പോഴും സ്വന്തം പാർട്ടിയിലെ ചിലർ മാത്രമാണ് തരൂരിനെ നിരന്തരം വേട്ടയാടിയിട്ടുള്ളത്. ആ വേട്ടയാടലിന് പിന്നിലെ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട കാരണം അയാൾ പാർട്ടിക്ക് വിധേയനല്ല എന്നതായിരുന്നു. സംസ്ഥാനത്ത് പൊതുവേ പിന്തുടരുന്ന ഒരു രാഷ്ട്രീയ നയം എന്നത് പ്രതിപക്ഷത്ത് ആണെങ്കിൽ ഭരണപക്ഷത്തിന്റെ ഒരു നയത്തെയും അംഗീകരിക്കരുത് എന്നതാണ്. അത് ഇനി എത്ര നല്ല കാര്യമാണെങ്കിലും വിമർശന സാധ്യതകളാണ് തേടേണ്ടതെന്ന് പ്രതിപക്ഷം അതിന്റെ നേതാക്കളെ കാലാകാലങ്ങളിൽ പറഞ്ഞു പഠിപ്പിക്കാറുണ്ട്. എന്നാൽ തരൂർ ഒരു കാലത്തും അത്തരം പഠനങ്ങൾക്ക് നിന്നു കൊടുത്തിട്ടില്ല. മോദിയാണെങ്കിലും പിണറായി വിജയൻ ആണെങ്കിലും നല്ലത് ചെയ്താൽ നല്ലതെന്ന് തരൂർ പറയും. അത് പറഞ്ഞതിന്റെ പേരിൽ പ്രതിസന്ധിയിൽ ആയ ഒരുപാട് ഘട്ടങ്ങൾ തരൂരിന്റെ രാഷ്ട്രീയ ജീവിതത്തിൽ ഉണ്ട്.

സിൽവർ ലൈൻ സമരം നടക്കുന്ന കാലത്ത് കോൺഗ്രസ് നേതാക്കൾ സിപിഎമ്മിന്റെ പാർട്ടി കോൺഗ്രസിൽ പങ്കെടുക്കരുതെന്ന തീരുമാനം ഉണ്ടായിരുന്നു. അന്ന് സിപിഎം ക്ഷണിച്ചിരുന്ന മൂന്നു നേതാക്കൾ കെ വി തോമസും ശശി തരൂരും രമേശ് ചെന്നിത്തലയും ആയിരുന്നു. പാർട്ടിയുടെ തീരുമാനത്തിന് വിരുധമായി ആയിരുന്നു അന്ന് തരൂർ നിലകൊണ്ടത്. ഏറെക്കാലം പാർട്ടിയുടെ തീരുമാനം അനുസരിക്കാതെ അദ്ദേഹം അനിശ്ചിതത്വം തുടർന്നു. കേരളത്തിലെ ഒരു നേതാവും പറയുന്നത് കേൾക്കില്ലെന്ന് അദ്ദേഹം നിലപാടെടുത്തു. തുടർന്ന് സോണിയാഗാന്ധിയുടെ അഭ്യർത്ഥനപ്രകാരം ആയിരുന്നു അന്ന് തരൂർ സമ്മേളനത്തിൽ പങ്കെടുക്കാതെ പോയിരുന്നത്. പിന്നെയും പല ആവർത്തി തരൂർ പാർട്ടിയെ പ്രതിസന്ധിയിലാക്കി സ്വയം ‘സൂപ്പർ നേതാവ്’ആയിട്ടുണ്ട്. ഇപ്പോഴും അദ്ദേഹം ഒരു വലിയ വിവാദത്തിന് തിരികൊടുത്തിരിക്കുകയാണ്. വ്യവസായ മേഖലയിൽ കേരളത്തിലുണ്ടായ മാറ്റത്തെ പ്രകീർത്തിച്ചുകൊണ്ട് തരൂർ തയ്യാറാക്കിയ ലേഖനമാണ് ഇപ്പോഴത്തെ കത്തുന്ന വിവാദം.